En el año 195 Después de Colonia, después de décadas de opresión por parte de la Alianza Unida de la Esfera Terrestre y su organización armada OZ, un grupo de rebeldes en las colonias espaciales envían a cinco Mobile Suits conocidos como "Gundams" para derrocar el régimen militar. Cuatro de los Gundams llegan con éxito a la Tierra, pero el quinto, el Wing Gundam, es interceptado durante su descenso por el teniente de OZ Zechs Merquise y se estrella en el Océano Pacífico.

Zechs logra localizar al Wing Gundam que se hundió en el Océano Pacífico, y busca reclamarlo para OZ. Mientras tanto, Heero intenta destruir su Gundam con torpedos robados para evitar que OZ ponga sus manos en el.

es llevado a un hospital de la Alianza, pero Duo lo ayuda a escapar y luego devuelve su Gundam. Entretanto, Trowa Barton, piloto del Gundam Heavyarms y Quatre Raberba Winner, piloto del Gundam Sandrock, se conocen en batalla, pero cuando Trowa se rinde al quedarse sin municiones, Quatre le ofrece su amistad.

Zechs llega a la base Aliada del Lago Victoria para encontrarse con una vieja amiga, la Teniente Lucrezia Noin, pero la base es súbitamente atacada por Chang Wufei, piloto del Gundam Shenlong. Trowa y Quatre toman caminos separados después de un breve descanso.

Relena acompaña a su padre a las colonias, donde este es esperado en una importante reunión. Sin embargo este es víctima de un atentado planeado Por Lady Une, Coronel de OZ, que detonó una bomba en el edificio.

Relena regresa a su escuela a tiempo para el baile, pero descubre que Heero se va a transferir. Relena le demuestra a Heero que ella ya sabe todo acerca de él, y reta a Heero a que la mate.

Los cinco Gundams se reúnen en la Nueva Base Edwards, para matar a los miembros de alta jerarquía de OZ, pero descubren demasiado tarde que han sido engañados; Heero ya ha eliminado a los líderes pacifistas de la Alianza ya que estos ocuparon un transbordador de OZ lo que los volvía un blanco tentador para los Pilotos Gundam, mientras que Lady Une y el líder de OZ, el coronel Treize Khushrenada, manipulan al único sobreviviente, El General Septum, para que declarare la guerra a las colonias. después de esto, Treize y Lady Une lo matan.

Trowa y Wufei persiguen a Treize mientras Heero, Duo y Quatre intentan evitar la destrucción de la Base Edwards. Wufei y Treize libran un duelo a espadas por el honor, pero Wufei pierde y Treize lo deja escapar..

Zechs recibe al Tallgeese y regresa la tierra donde nació: el Reino de Sanc, con la esperanza de liberarla de las manos de la Alianza. La conexión entre Zechs y Relena es finalmente revelada..

OZ planea transportar los nuevos mobile suits Taurus a su base en Siberia. Sin embargo, Lady Une establece una elaborada trampa allí para atraer y destruir a los Gundams.

Duo ve su ruta para escapar de Siberia bloqueada por tropas de OZ, obligándolo a viajar con Quatre y su tropa Manganac a su base en el desierto. Sin embargo, Las tropas de OZ descubren la base de los Manganacs.

Heero despierta en un circo ambulante después de haber sido rescatado por Trowa de su experiencia casi mortal en Siberia. Mientras tanto, Wufei deprimido por su derrota ante Treize, conoce a la ex mayor de la Alianza Sally Po, que se ha convertido en líder guerrillera.

Zechs vuelve a la Base del Lago Victoria, y ahí conoce a dos antiguos alumnos de Noin. Zechs decide unirse a ellos para realizar una ofensiva militar, pero este se ve obligado a matarlos cuando estos revelan sus despiadadas actitudes para la guerra.

Heero pone su vida en manos de Sylvia Noventa, la nieta del Mariscal Noventa, asesinado por Heero en la Base Edwards. Mientras tanto, Relena desafía abiertamente al Duque Dermail, el líder de la fundación Romefeller, la organización de Nobles Europeos que apoya económica y militarmente a OZ.

Noin encuentra a Heero y a Trowa y los lleva a la Antártida, donde Zechs está completando la reconstrucción del Wing Gundam para su revancha contra Heero. Cuando el Inspector Acht (que había ordenado la destrucción del Gundam) llega para exponer a Zechs como traidor, Noin y Trowa destruyen los escuadrones de búsqueda antes de que estos puedan alcanzar a Zechs..

Heero y Trowa llegan a la base de Zechs en la Antártida, donde Heero se reúne con su Wing Gundam totalmente reconstruido. Sin embargo Heero elige el Gundam Heavyarms de Trowa para el combate contra Zechs.

Lady Une se ha convertido en diplomática de Oz para las colonias y las colonias discuten si se deben aceptar las propuestas de OZ. Duo y Quatre intentan captar la atención de los otros tres pilotos mientras Une captura los cinco ingenieros de los Gundams.

Zechs usa al Tallgeese en una ardua lucha contra los mobile suits de la Alianza Mientras Lady Une obliga a los ingenieros de los gundams a diseñar y a construir mobile suits superiores al Tallgeese y a los Gundams, bajo amenaza de destruir un Transbordador espacial con Quatre en su interior..

Duo es fácilmente derrotado y capturado por OZ debido a que su Gundam no fue construido para luchar en el espacio. Duo fue derrotado por Mobile Dolls, un nuevo tipo de mobile suit controlado por computadora y que no requiere el manejo de un piloto.

Sally se infiltra en una base de OZ para destruir los restos del Gundam Sandrock de Quatre, pero la Tropa Maganac la convencen para que puedan tomar las piezas de vuelta a su base y reconstruirlo. Mientras tanto, el Gundam Deathscythe de Duo es destruido en televisión por los nuevos reclutas de OZ.

Heero y Trowa enfrentan a Zechs por primera vez desde su batalla en la Antártida y Zechs se entrega voluntariamente. Quatre decide construir al Gundam original en el que los ingenieros de las colonias se basaron para construir a los otros 5, después de encontrar los planos del mismo en la computadora de la familia Winner.

Zechs adopta su identidad como Milliardo Peacecraft y se presenta ante Lady Une como embajador del Reino Sanc. Cuando Nichol empieza a actuar por su cuenta, Lady Une advierte que ella misma esta desarrollando una doble personalidad, mientras ejecuta los planes de Treize y encarcela a Nichol a su regreso a Barge.

Duo y la oficial de OZ Hilde Schbeiker tienen una discusión ideológica sobre cual seria la mejor forma de conseguir la Paz. Hilde termina aceptando la forma de pensar de él.

Quatre, que ahora se encuentra mentalmente inestable, aparece a bordo del recién construido WING ZERO y empieza a destruir varias colonias, una una tras otra. Lady Une envía a Heero y a Trowa a enfrentarlo a bordo del Mercurio y el Vayeate, respectivamente.

Heero lucha con Quatre en un vano intento por demostrarle que las colonias ya no necesitan a los Gundams, pero cuando esto falla, Trowa obliga a Quatre a que reconozca la bondad que hay en el, pagando el último precio. Mientras tanto, la fundación Romefeller propone reemplazar a todos los mobile suits de OZ por los nuevos Mobile Dolls Virgo.

Heero y Quatre son salvados por miembros de la facción de Treize y se reúnen con los ingenieros. Estos explican que el Wing Zero utiliza un sistema de combate llamado ZERO, el cual aumenta el las habilidades del piloto quitando le el libre albedrío, llevando al piloto al borde de la locura.

Episodio de recapitulación desde el punto de vista de Relena y Heero.

Episodio de recapitulación desde el punto de vista de Treize y Lady Une. Al final del episodio, la nueva creación de Treize es parcialmente revelada: el Gundam Epyon ..

Sally es capturada por OZ, pero es capaz de esconder al Wing Gundam hasta la llegada de Noin y la ayuda a recuperarlo. Relena, que ahora es la líder del Reino de Sanc, sostiene una discusión ideológica con Dorothy Catalonia, estudiante transferida y nieta del Duke Dermail.

Heero lucha como mercenario para la Facción Treize. Quatre decide que después de la batalla irá al Reino de Sanc.

Heero intenta recuperar su Gundam y marcharse, pero Quatre lo convence para que se quede en el Reino de Sanc y defienda a Relena. Más tarde, OZ ataca una facción de Treize acuartelada en el Reino de Sanc como excusa para invadir a la nación pacifista.

Duo está ocupado buscando piezas para completar su nuevo Gundam Deathcythe Hell, pero es capturado por el Soldado Trant Clark y lo obligado a probar el sistema del WING ZERO para OZ, llevándolo al borde de la locura. Duo es rescatado por Hilde mientras Trant trata de pelear con el WING ZERO.

Relena se reúne con Duke Dermail y Zechs continúa luchando contra Romefeller en el espacio. Mientras tanto, cuando la mansión de Treize en Luxemburgo es atacada por un ejército de Virgos, Heero llega a bordo del Wing Gundam para ayudar a la facción de Treize, sin embargo este es abrumado por las oleadas cada vez más numerosas de Mobile Dolls..

El Wing Gundam queda totalmente deshabilitado durante la batalla de Luxemburgo y Heero lo abandona (por última vez) para ir a la mansión de Treize. Una vez allí, Treize le presenta a Heero al Gundam Epyon.

Wufei regresa a su colonia natal con su nuevo Altron Gundam, pero es forzado a atestiguar su destrucción cuando sus habitantes deciden que esa es la mejor manera de hacerle frente a OZ. Zechs le ofrece convertirse en su aliado y le permite usar al Wing Zero, pero después de sufrir bajo el sistema Zero, Wufei advierte que Zechs carece del sentido de justicia necesario para alcanzar la paz de forma apropiada.

Duo encuentra a Trowa con vida y trabajando en un circo, pero este tiene amnesia y Catherine lo aleja de él. Relena se ve obligada a disolver el Reino de Sanc para poder salvar las vidas de las personas en el país y acuerda entregarse a OZ.

Zechs (a bordo del Wing Zero) llega tarde al Reino de Sanc y es devastado. Zechs termina luchando con Heero (a bordo del Epyon) pero la pelea termina en un empate.

Informado por Duo, Quatre se acerca a Trowa y le pide perdón. Mientras Quatre y Noin luchan con la nueva facción Colmillo Balnco, Trowa (a pesar de que tiene amnesia), decide pelar con ellos para ver si recupera la memoria.

Zechs acepta la oferta de Quinze para convertirse en líder de Colmillo Blanco. Mientras, Dermail continua usando a Relena como titere, Dorothy y el Marques Weiridge conspiran contra Romefeller para hacer de Relena una reina en el poder.

Howard, (un aliado de los Gundams y Zechs) acuerda formar un equipo con los Gundams y ofrece su nave espacial (el Peacemillion), como base. Relena anuncia que la Fundación Romefeller debe desarmarse y pide que la coexistencia pacífica entre la Tierra y las colonias.

Treize despacha a Relena de su cargo, pues el entiende que Relena ya ha sentado las bases para alcanzar la paz, y como tal, el facilitara ahora los medios militares necesarios para llevarla a buen termino. Dorothy y Relena viajan al espacio por separado.

Treize visita a Lady Une, que se encuentra en estado de coma y revela que él debe llevar a cabo la paz, porque la carga sería demasiado grande para Relena. Wufei intenta luchar contra Colmillo Blanco por su cuenta, pero su Gundam queda sin energía.

Los Cinco pilotos de los Gundams se reúnen a bordo de la nave Peacemillion. Trowa toma prestado al Wing Zero para liberar a los habitantes de la colonia C421 (Catherine es una de ellos) de un grupo de OZ (que está tratando de chantajear a Colmillo Blanco para que entreguen la Nave Libra).

Relena, ahora a bordo de la nave Libra, intenta razonar con Zechs, pero es encarcelada. Después de que Heero instala el sistema ZERO en el Gundam Sandrock de Quatre, Zechs adapta el sistema para que Dorothy pueda controlar a los Mobile Dolls.

Hilde se infiltra en la Nave Libra, roba los planos y va donde Relena. Esta casi es asesinada escapando hacia Peacemillion, pero Duo llega a tiempo para pelear contra los reconstruidos Mercurio y Vayeate, que ahora son mobile dolls programados con los datos de combate de Heero y Trowa.

Heero se infiltra en la Nave Libra para rescatar a Relena, y ambos confrontan a Zechs para que este le pongan fin a la guerra. Mientras tanto, Treize comanda las fuerzas de la Nación Mundial a bordo del nuevo Tallgeese II.

Los pilotos Gundam a bordo de la nave Peacemillion rehúsan unirse a Treize, pero saben que deben detener la Nave Libra y ponen rumbo con dirección a ella. Sally y Howard deciden que la única forma de detener a la Nave Libra es evacuar la Nave Peacemillion y estrellarla con la Nave Libra para bloquear su Cañón Principal.

Wufei lucha con los mobile dolls y consigue su revancha con Treize, cuestionando si Treize comprende las consecuencias de sus acciones. Sin embargo, mientras Trieze admite haberlo comprendido todo, este deja de defenderse deliberadamente, permitiendo Wufei lo ataque, lo que resulta en su muerte.

Heero y Zechs comienzan su combate final. Duo sale junto con los ingenieros de los Gundams y los lleva hacia la Nave Peacemillion.