Mientras que en un viaje de negocios en el mar para su compañía, Rokuro Okajima es secuestrado por los miembros de la Compañia del Lagoon: Dutch, Revy, y Benny. Después de obtener un disco confidencial para su cliente, Balalaika, el jefe del Hotel Moscú y de una parte de la mafia rusa, Revy toma Rokuro como un rehén en su nave, El Black Lagoon, para pedir un rescate.

Para evadir al helicoptero, Dutch conduce el Black Lagoon por un río, pero llega a un callejón sin salida. Al darse cuenta de la inutilidad de su situación, los miembros del Lagoon comienzan a planear lo peor.

Durante su estancia en Roanapur, donde se encuentra la compañia Lagoon, Dutch es abordado por Chin, un gángster que advierte a Dutch de los riesgos de continuar trabajando para Balalaika. Dutch ignora sus advertencias y recibe un trabajo de un patrón anónimo.

La tripulacion del Lagoon es enviada a recuperar una pintura, "Los Doce Caballeros Led de Brunhilda", de un barco hundido en la Segunda Guerra Mundial que salió de Alemania durante la derrota de Alemania nazi y fue hundido por la marina de guerra de Estados Unidos cerca de Yakarta. Dutch compra equipo de buceo para Rock y Revy para utilizar en la recuperación de la pintura, y Benny instruye a los dos a entrar en el submarino a través de sus tubos de torpedo y crear un agujero para salir.

El Black Lagoon evade los misiles TOW, pero Dutch y Benny observan que los nazis envían un equipo bajo el agua para recuperar la pintura. Dentro del submarino, Rock y Revy localizan la pintura, pero Revy insiste en buscar en la nave medallas y otros objetos de valor.

Dutch y Revy abandonan el Black Lagoon en una lancha para atacar la nave de los nazis. Con los nazis celebrando su recuperación de la pintura, los dos entran fácilmente en la nave, y Dutch instruye a Revy para distraer a la tripulación mientras que él busca la pintura.

Dutch envia a Rock y Revy a hacer recados por todo Roanapur, y Revy está disgustada de que se vea obligada a realizarlos con Rock. Cuando se detienen en "La Iglesia de la Violencia", una organización que se presenta como misioneros religiosos con el fin de traficar drogas y armas ilegales, Rock se las arregla para utilizar su inteligencia empresarial para reparar un acuerdo con Yolanda (la jefa de esta organización), después de que Revy le apunte con una pistola.

La tripulación del Lagoon es contratada por un cártel colombiano para entregar un rehén, y Dutch asigna a Rock vigilar al chico mientras están de camino. Rock se entera de que el muchacho es García Lovelace, el heredero de una de las familias más ricas de Sudamérica, y que el cártel había secuestrado a García después de que su padre se negara a permitir que el cártel lo intimidara.

Roberta despacha a la mayoría de los miembros del cártel, y García se sorprende de su capacidad de combate. Revy revela la presencia de los miembros del Lagoon durante el tiroteo, y se queda inconsciente cuando Roberta le dispara un proyectil de 40 mm.

Roberta obliga a Benny a estrellarse en el puerto, pero despierta a Revy en el choque. Las dos comienzan un tiroteo.

La tripulacion del Lagoon es contactada por el Sr. Chang (jefe de la Tríada Roanapur), para transportar a la CIA un maletín que contiene información sobre los Protectores del Frente Islámico, un grupo terrorista.

Takenaka comienza a interrogar a Rock, revelando que es un ex miembro del Ejército Rojo Japonés. Cuando Rock le pregunta por qué sigue luchando por una causa perdida, comenta que lucha por dar sentido a los sacrificios que hizo en el pasado por sus creencias.

Chang organiza una reunión entre los principales señores del crimen de Roanapur: él, Balalaika, Abrego, un jefe del cartel colombiano, y Verrocchio (líder de la rama Roanapur de la mafia italiana). Balalaika rechaza los intentos de Chang de fomentar la cooperación, e insiste en que Hotel Moscú va a encontrar y eliminar a los asesinos.

Rock determina que los gemelos son de Rumania, y Balalaika le pregunta a Rowan (dueño de un club de striptease), por todas las películas porno rumanas que tiene. En una reunión con Chang, le revela que encontró a los gemelos en una de las películas, en la que se llamaban Hansel y Gretel, y menciona que muchos huérfanos del régimen de Nicolae Ceauşescu fueron vendidos en el mercado negro y forzados a participar en peliculas porno.

Eda y Revy comienzan un tiroteo con los gemelos, pero los Visotoniki llegan, poniendo fin a su lucha. Hansel y Gretel deciden separarse y Revy vuelve a casa.

Dollar Jane, una falsificadora de dinero que trabaja para un sindicato del crimen de Florida, enfurece a sus jefes al romper un plazo y huir por ello. Pide refugio en la Iglesia de la Violencia, donde Eda y Revy están bebiendo, ella es rechazada por Eda.

Los cazarrecompensas llegan al motel de Jane, y ella se escapa gracias a los preparativos que Eda había hecho de antemano. Jane ve a Eda y acepta pagar cualquier precio si Eda la salva.

Shenhua evade la trampa, pero es fusilado por Eda después de que Revy actúe como señuelo. En el tejado, Rock y Jane son atacados por Sawyer, pero ella entra en shock después de perder su electrolaringe en una explosión.

Rock es contratado por Balalaika para ser su traductor en un viaje a Japón, y Revy lo acompaña. Balalaika negocia con el Grupo Washimine, un grupo yakuza caído en tiempos difíciles, y se compromete a destruir el Consejo Kosa, otro grupo yakuza, debido a un trato del Grupo Washimine.

Debido a la brutalidad de los ataques de Balalaika al Consejo de Kosa, Bando organiza otra reunión con ella, pero se dan que cuenta que ejecutará sus planes como mejor le parezca. Después de la reunión, Rock es golpeado por Chaka, un miembro del grupo Washimine, y Revy promete matarlo.

Balalaika recuerda su pasado. Ella recuerda que tuvo la intención de participar en el tiroteo olímpico para restablecer la reputación de su padre, pero se encontró en primera línea en la guerra soviética en Afganistán y después de la guerra, ella y los soldados que anteriormente estaban bajo su mando se unieron a la Mafia rusa.

Revy y Ginji llegan a una bolera donde Chaka retiene a Yukio, y despachan a sus hombres. Chaka intenta salir con Yukio, pero Rock toma Yukio y escapa.

Los ataques de Balalaika reducen a los miembros del Grupo Washimine a un tercio de su fuerza anterior, y Yukio ordena a los miembros del Grupo Washimine abandonar sus fortalezas para evitar los ataques. Descubriendo que el Hotel Moscú utiliza furgonetas eléctricas para ejecutar sus ataques, Yukio y Ginji utilizan una furgoneta similar para robar un banco para dirigir a la policía hacia las furgonetas del Hotel Moscú.

Rock se une a Balalaika para sus conversaciones con el Consejo de Kosa, y le pide que destruya por completo al Grupo Washimine para obligar a Yukio a adoptar una vida normal. Balalaika entonces mata al líder del Consejo de Kosa, e informa a Rock que los ataques de Moscú de Moscú al Grupo de Washimine cesarán.